Das Präsidium der Cusanus Hochschule besteht aus einer Präsidentin oder einem Präsidenten und mindestens einer oder einem, in der Regel zwei Vizepräsidentinnen oder Vizepräsidenten sowie der Kanzlerin oder dem Kanzler. Es wird vom Senat gewählt. Es leitet die Hochschule nach Maßgabe der Beschlüsse des Senats, demgegenüber es rechenschaftspflichtig ist. Dem Präsidenten obliegen die akademischen Geschäfte der Hochschule, der Kanzler leitet die Hochschulverwaltung.

Gegenwärtig gehören dem Präsidium der Cusanus Hochschule folgende vier Mitglieder an:

Dr. Martin Thomé
Präsident der Cusanus Hochschule

Prof. Dr. Silja Graupe
Professur für Ökonomie und Philosophie
Vizepräsidentin der Cusanus Hochschule

Prof. Dr. Harald Schwaetzer
Professur für Philosophie
Vizepräsident der Cusanus Hochschule

Frank Vierheilig
Geschäftsführer der Cusanus Treuhand gGmbH
Kanzler der Cusanus Hochschule